El primer registro de edificación encontrado data del año 1570, por órdenes del Virrey Don Luis de Velazco y Ruíz Alarcón.

A su muerte la hereda a su hijo también Virrey de la Nueva España Don Luis de Velazco y Castilla que herada la Hacienda a la Catedral Metropolitana de la Ciudad de México, quienes la utilizaron por más de 150 años.

Cuando Benito Juárez asume la presidencia, lleva a cabo la secularización del clero, expropia las propiedades de la iglesia y así es como la Hacienda Zotoluca vuelve a ser propiedad privada.

A finales de 1800´s y los primeros años de 1900´s es cuando la Hacienda Zotoluca tiene una maravillosa intervención arquitectónica del icónico Arquitecto Antonio Rivas Mercado, entre sus obras más importantes se encuentra el Monumento a la Independencia en el Paseo de la Reforma, Ciudad de México.

En la revolución de 1910, las Haciendas fueron brutalmente atacadas, invadidas, destruidas y saqueadas. 

Así se mantuvo hasta el 2015 donde la Hacienda es adquirida por Julio Uribe Curn. El proyecto de restauración llevó cerca de 5 años. En el año 2019 gana el premio “Iconos del Diseño” que otorga la revista Architectural Digest México. En el 2023 inicia relación comercial en exclusiva con el Hotel Four Seasons de la Ciudad de México con quienes actualmente se lleva a cabo el intercambio para servicios turísticos y experiencias que ofrece la Hacienda.